Bien qu'il soit originaire de Catalogne et qu'il ait été formé au FC Barcelone, Fàbregas a signé son premier contrat professionnel avec le club anglais d'Arsenal en 2003. Lors de sa première année à Londres, il est intégré dans l'équipe réserve, mais apparaît très vite dans l'équipe première en coupe de la Ligue (Carling Cup). À 16 ans, il devient le plus jeune joueur à avoir défendu les couleurs du club lors du match opposant Arsenal et Rotherham United le 28 octobre, puis le plus jeune à avoir inscrit un but à l'occasion de la rencontre Arsenal-Wolverhampton.
Il prend part au tournoi amical de pré-saison organisé à l'ArenA d'Amsterdam en juillet 2004, ce qui lui donne l'occasion d'affronter River Plate et l'Ajax. Après avoir disputé le Community Shield face à Manchester United le 8 août, en ouverture de la saison 2004-2005, il commence à être aligné en Premier League, pour pallier les blessures subies par les milieux de terrain titulaires, et ne tarde pas à inscrire son premier but en championnat face aux Blackburn Rovers, le 25 août. Il participe également à la victoire d'Arsenal contre Rosenborg BK lors du premier tour de la Ligue des Champions, inscrivant encore une fois son nom au tableau d'affichage. Le 21 mai 2005, Cesc remporte un nouveau trophée avec Arsenal lors de la finale de la coupe d'Angleterre.
Depuis le départ d'Edú puis de Patrick Vieira à l'intersaison, Arsène Wenger titularise régulièrement Fàbregas en milieu de terrain, aux côtés de l'international brésilien Gilberto Silva ou de Mathieu Flamini. Cesc n'a pas la même présence physique que Vieira, mais sa technique et sa vision du jeu en font un très bon milieu relanceur et un élement indispensable du système d'Arsène Wenger.
Lors de la saison 2005-2006, il participe à 35 matchs de championnats (3 buts) et à tous les matchs de la campagne européenne des Gunners, qui se clôture par une défaite en finale contre le FC Barcelone.
Cesc Fàbregas a fait partie de l'équipe d'Espagne des moins de 17 ans finaliste du championnat du monde en 2003 face au Brésil, il termine meilleur buteur du tournoi finlandais et le prix du meilleur joueur lui est attribué. Depuis il a intégré l'équipe d'Espagne espoirs, battue en quarts de finale des championnats du monde juniors le 25 juin 2005 par les espoirs argentins emmenés par Lionel Messi, un joueur que Cesc a côtoyé au FC Barcelone.
Cesc Fàbregas est sélectionné pour la première fois en équipe d'Espagne le 1er mars 2006 en match amical contre la Côte d'Ivoire. Puis il participe à la coupe du monde 2006 en Allemagne, et en profite pour en devenir un titulaire à seuleument 19 ans.
Le cru 2006/2007 est également une superbe saison pour ce jeune prodige. Il devient la pièce maîtresse du milieu de terrain d'Arsenal, participant aux 38 matchs de championnat, aux 10 matchs de la campagne européenne (où le club échouera en 8èmes de finale), et à l'excellent parcours des Young Guns en League Cup (défaite en finale face à Chelsea) : Francesc aura donc participé en tout à 54 matchs avec son club, inscrivant 4 buts et délivrant 13 passes décisives.
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